W 1990 r. BGŻ przestał pełnić funkcję centralnego związku spółdzielczości dla banków spółdzielczych. Bydgoski Bank zawarł z BGŻ umowę o współpracy, której w 1992 r. nie przedłużył.

Mimo zawiłej i trudnej sytuacji ekonomicznej lat dziewięćdziesiątych, rosnącej konkurencji na rynku - Bankowi Spółdzielczemu w Bydgoszczy przybywało klientów, obroty zwiększały się, a każdy rok kończono dobrymi wynikami finansowymi.

W roku 1990 powstał pierwszy niezależny Bank zrzeszający BS - Gospodarczy Bank Wielkopolski S.A. w Poznaniu, którego BS BYDGOSZCZ stał się akcjonariuszem (26.11.1990). 17 Grudnia 1991 r. podpisana została umowa zrzeszenia z GBW S.A.W 1992 r. uroczyście oddano do użytku nowy budynek Oddziału w Białych Błotach. W 1993 r., (15 lipca) dokonano otwarcia nowo wybudowanego obiektu Oddziału w Sicienku.

W związku z Ustawą o Restrukturyzacji BGŻ i BS z 1994 r. GBW S.A. podpisało umowę wstępną o współpracy z BGŻ S.A. Wobec powyższego BS Bydgoszcz, zachowując dalej niezależność postanowił podpisać Umowę Zrzeszenia z Bankiem Unii Gospodarczej S.A. w Warszawie, który później zmienił nazwę na Bank Polskiej Spółdzielczości S.A.

W 1997 do bydgoskiego BS dołączyły banki spółdzielcze z Dobrcza i Złotnik Kujawskich. Obecnie oprócz placówki macierzystej funkcjonuje sześć oddziałów i planowane są kolejne przyłączenia Banków Spółdzielczych.

Dotychczasowa polityka prowadzona przez zarządzających sprawiła, iż Bank Spółdzielczy w Bydgoszczy cieszy się dziś dobrą kondycją finansową, stale przybywa mu klientów, poprzez swoją ekspansywność zwiększa teren działania i własne możliwości, będąc rzeczywiście konkurencyjnym na coraz bardziej wymagającym rynku usług bankowych.